Depois dos eventos de Além da Escuridão – Star Trek, a USSS Enterprise embarca numa nova missão de exploração de cinco anos. Porém, longe da terra, em meio ao cosmo, surgem novas ameaças à segurança da Federação. Rebeldes da Seção 31, a divisão de operações secretas da Frota Estelar, tentam incitar uma guerra entre o império romulano e o klingon, e a tripulação da Enterprise se vê no meio da disputa.